シェイクスピアは1613年に故郷ストラトフォードへ引退したと見られている。
シェイクスピアの生涯最後の数週間に起きた事件は、次女ジュディスに関わる醜聞であった。ジュディスの婚約者であった居酒屋経営者のトマス・クワイニーが地元の教会裁判所で「婚前交渉」の嫌疑で告発されたのである。マーガレット・ホイーラーという女性が私生児を産み、その父親がクワイニーであると主張してまもなく母子ともども死亡したのである。この一件でクワイニーの名誉は失墜し、シェイクスピアは自分の遺産のうちジュディスへ渡る分がクワイニーの不実な行為にさらされることのないよう遺言書を修正した。
1616年4月23日にシェイクスピアは52歳で没した。死因は腐りきったニシンから伝染した感染症であるらしいが、詳細は不明である。。誕生日が4月23日であるという伝承が正しいならば、シェイクスピアの命日は誕生日と同じ日だということになる。シェイクスピアはアン・ハサウェイを生涯の妻とし、2人の娘、スザンナとジュディスを残した。息子のハムネットは1596年に夭折している。スザンナは医師のジョン・ホールと結婚し、2人のあいだに生まれた娘エリザベス・ホールがシェイクスピア家の最後の1人となった。今日、シェイクスピアの直系の子孫は存在しない。しかし、シェイクスピアが名付け親になったウィリアム・ダヴェナント（17世紀の詩人、劇作家。『マクベス』の改作などを執筆している）の実父がシェイクスピアではないかという噂が囁かれたことはある。
